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聞味識動(dòng)物!空氣里含有足夠DNA來(lái)識別動(dòng)物園中動(dòng)物

2022年01月07日 14:49   來(lái)源:經(jīng)濟日報新聞客戶(hù)端   

  動(dòng)物園里的空氣充滿(mǎn)了各種氣味,從用作飼料的魚(yú)到食草動(dòng)物的糞便。但你知道嗎,它也充滿(mǎn)了生活在那里的動(dòng)物的DNA。在1月7日的細胞出版社(Cell Press)旗下期刊Current Biology (《當代生物學(xué)》)上,兩個(gè)研究小組各自發(fā)表了一項獨立的概念驗證研究,表明通過(guò)從當地動(dòng)物園采集空氣樣本,他們就可以收集到足夠的DNA來(lái)識別附近的動(dòng)物。這可能被證明是追蹤生物多樣性的一種有價(jià)值、非侵入性的工具。

  “捕獲來(lái)自脊椎動(dòng)物在空氣中傳播的環(huán)境DNA,甚至有可能使我們探測到那些看不到的動(dòng)物!备绫竟髮W(xué)研究團隊負責人Kristine Bohmann說(shuō)。

  陸生動(dòng)物可以通過(guò)許多方式加以監測:直接通過(guò)攝像機和現場(chǎng)觀(guān)察,或者間接通過(guò)它們留下的東西,比如腳印或糞便。這些方法的缺點(diǎn)是需要進(jìn)行密集的野外工作,并且需要動(dòng)物在場(chǎng)。例如,通過(guò)攝像機監控動(dòng)物需要知道在動(dòng)物路徑上放置攝像機的位置,并從成千上萬(wàn)張圖片中篩選,這通常還需要一點(diǎn)運氣。

  “在我職業(yè)生涯的早期,我曾去過(guò)馬達加斯加,希望能看到很多狐猴。但實(shí)際上,我很少見(jiàn)到它們。相反,我只是聽(tīng)到它們從樹(shù)冠上跳開(kāi)!盉ohmann說(shuō),“所以,對許多物種來(lái)說(shuō),通過(guò)直接觀(guān)察發(fā)現它們需要做很多工作,尤其是如果它們神出鬼沒(méi),生活在非常封閉或難以接近的棲息地!

  “與人們在河流和湖泊中發(fā)現的東西相比,監測空氣中的DNA真的非常困難,因為空氣中的DNA似乎被超級稀釋了!眰惗噩旣惻醮髮W(xué)研究小組的首席研究員Elizabeth Clare (Clare現在在多倫多約克大學(xué))說(shuō),“但我們的動(dòng)物園研究在不同的樣本、基因、地點(diǎn)和實(shí)驗方法上還沒(méi)有失敗。所有這些都非常有效!

  Bohmann和Clare通過(guò)收集含有動(dòng)物脫落DNA的其他樣本,從他們過(guò)去監測野生動(dòng)物的研究中汲取了大量資源。這被稱(chēng)為“環(huán)境DNA”或eDNA,是一種成熟的技術(shù),最常見(jiàn)的是通過(guò)對水樣中的eDNA進(jìn)行測序來(lái)監測水生生物。

  “空氣包圍著(zhù)一切,我們希望在優(yōu)化對動(dòng)物DNA的真實(shí)檢測的同時(shí),避免樣本受到污染! Bohmann說(shuō),“我們對空氣中eDNA的最新研究涉及到我們通常處理eDNA樣本時(shí)所做的事情,只是稍微調整了一下!

  每個(gè)研究小組都在當地動(dòng)物園進(jìn)行他們的研究,在動(dòng)物園的不同地方收集樣本,包括熱帶房屋和室內馬廄等有圍墻的圍欄,以及露天的室外圍欄!盀榱耸占諝庵械膃DNA,我們使用了一個(gè)風(fēng)扇,就像你用來(lái)冷卻電腦的風(fēng)扇一樣,并在風(fēng)扇上附加了一個(gè)過(guò)濾器。然后我們讓它運行一段時(shí)間!备绫竟髮W(xué)第一作者、博士后研究員Christina Lynggaard說(shuō)。

  風(fēng)扇從動(dòng)物園和周?chē)沫h(huán)境中吸進(jìn)空氣,這些空氣可能含有多種來(lái)源的遺傳物質(zhì),比如呼吸、唾液、皮毛或糞便,盡管研究人員還沒(méi)有確定其確切來(lái)源。 “它可以是任何在空中飛行的東西,而且足夠小,可以持續漂浮在空中!盠ynggaard說(shuō),“在空氣過(guò)濾后,我們從過(guò)濾器中提取DNA,并使用PCR擴增技術(shù)復制了大量動(dòng)物DNA。在DNA測序之后,我們處理了數以百萬(wàn)計的序列,并最終將它們與一個(gè)DNA參考數據庫進(jìn)行比較,以確定動(dòng)物物種!

  “這是一種信念上的飛躍,因為當你處理常規組織,甚至水生DNA樣本時(shí),你可以測量有多少DNA,但我們處理的這些樣本是法醫鑒定的微量DNA! Clare說(shuō),“在很多情況下,當我們只取樣幾分鐘時(shí),我們無(wú)法測量DNA,所以我們必須跳到PCR的下一個(gè)階段,即找出其中是否有任何物質(zhì)。當我們進(jìn)行數小時(shí)的抽樣時(shí),我們會(huì )得到更多,但這是一種權衡!

  在每一項研究中,研究人員都發(fā)現了動(dòng)物園內的動(dòng)物和附近的野生動(dòng)物。Clare的團隊來(lái)自倫敦瑪麗女王大學(xué),他們檢測到了25種哺乳動(dòng)物和鳥(niǎo)類(lèi)的DNA,甚至還檢測到了在英國瀕臨滅絕的歐亞刺猬的DNA。哥本哈根大學(xué)的Bohmann團隊則發(fā)現了49種非人類(lèi)脊椎動(dòng)物,包括哺乳動(dòng)物、鳥(niǎo)類(lèi)、爬行動(dòng)物、兩棲動(dòng)物和魚(yú)類(lèi)。這些動(dòng)物包括動(dòng)物園里的動(dòng)物,如??狓和犰狳,甚至熱帶溫室池塘里的孔雀魚(yú),以及當地的動(dòng)物,如松鼠,和有害的動(dòng)物,如褐鼠和家鼠。此外,他們還在動(dòng)物園里發(fā)現了用作其他動(dòng)物飼料的魚(yú)類(lèi)。兩個(gè)團隊都采取了廣泛的措施來(lái)檢查他們的樣本是否被污染,包括被實(shí)驗室里已經(jīng)存在的DNA污染。

  通過(guò)選擇一個(gè)動(dòng)物園作為他們研究的地點(diǎn),研究人員知道了大量非本地物種的位置,這樣他們就可以分辨出真實(shí)信號和污染物之間的區別!拔覀儽緛(lái)想去農場(chǎng),但如果你采集到奶牛的DNA,你必須問(wèn):‘這頭牛是在這里,還是在100英里以外,還是在某人的午餐里?’”Clare說(shuō),“但以動(dòng)物園為模型,除了動(dòng)物園的老虎,我沒(méi)有其他方法能夠檢測到老虎的DNA。這讓我們能夠真正測試檢出率!

  Clare說(shuō):“我們的實(shí)驗室都在開(kāi)發(fā)和應用新工具,所以也許我們在同一時(shí)間有了相同的想法并不奇怪。

  然而,這兩個(gè)研究小組同時(shí)在《當代生物學(xué)》發(fā)表論文絕不是巧合。兩個(gè)小組在一個(gè)預印本服務(wù)器上看到彼此的文章后,決定共同向雜志投稿。 “我們決定賭一把,我們不愿意在這個(gè)項目上競爭! Clare說(shuō),“事實(shí)上,這是一個(gè)非常瘋狂的想法,我們最好有獨立的證據證明這是有效的。兩個(gè)團隊都非?释吹竭@項技術(shù)的發(fā)展!保ń(jīng)濟日報記者 佘惠敏)

(責任編輯:張雪)

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